Ἐπὶ 32 χρόνια ὁ π. Ἰωάννης ἐργάστηκε σὰν παιδαγωγὸς (1857-1862 στὴν περιφερειακὴ σχολὴ Κρονστάνδης καὶ 1862-1889 στὸ Γυμνάσιό της).
Σὰν δάσκαλος ἀπέφευγε νὰ τιμωρεῖ, δίδασκε μὲ συζήτηση, ἐπαναλάμβανε τὶς ἐκλεκτὲς περικοπὲς ἀπὸ τὴν Ἁγία Γραφή, προκαλοῦσε ἐρωτήματα, ἐνθάρρυνε τὴν παιδικὴ ἐλευθερία καὶ πρωτοβουλία.
Προσωπικές του παιδαγωγικὲς ἀρχές:
Βασική του ἀρχὴ ἦταν ἡ ἁπλότητα στὴ διδασκαλία.
Θεωροῦσε πῶς ἡ γνώση εἶναι ἀπέραντη, γι᾿ αὐτὸ καὶ εἶναι ἀνάγκη νὰ ἐκλεγεῖ γιὰ τὰ παιδιὰ μόνο τὸ πιὸ ἀπαραίτητο τμῆμα της. Γιὰ νὰ δημιουργηθεῖ ἕνα ἁρμονικὸ σύστημα, θεωροῦσε πὼς ἡ μόρφωση εἶναι ἀχώριστη ἀπὸ τὴν ἀγωγὴ τῆς καρδιᾶς, ἡ ὁποία καὶ προηγεῖται.
Σὰν δάσκαλος ἀπέφευγε νὰ τιμωρεῖ, δίδασκε μὲ συζήτηση, ἐπαναλάμβανε τὶς ἐκλεκτὲς περικοπὲς ἀπὸ τὴν Ἁγία Γραφή, προκαλοῦσε ἐρωτήματα, ἐνθάρρυνε τὴν παιδικὴ ἐλευθερία καὶ πρωτοβουλία.
Τὰ παιδιὰ ἐνθουσιασμένα μαζί του ἐλεύθερα τὸν ἔκαναν συχνὰ ἐξομολόγο τους.
Προσωπικές του παιδαγωγικὲς ἀρχές:
- Ἡ ἀρχὴ τῆς ἁπλότητας τῆς διδασκαλίας.
- Ἡ μόρφωση ὀφείλει νὰ εἶναι ἀχώριστη ἀπὸ τὴν ἀγωγὴ τῆς καρδιᾶς.
- Νὰ μὴ τιμωρεῖ.
- Νὰ διδάσκει μὲ διαλογικὴ συζήτηση.
- Νὰ ἐπαναλαμβάνει μὲ τρόπο ζωντανὸ ἀναλύσεις τῆς Ἁγίας Γραφῆς συνοδεύοντας τὴν ἐπανάληψη μὲ ἀναγνώσεις ἐκλεκτῶν περικοπῶν.
- Νὰ ἐπιτρέπει τὶς ἐρωτήσεις τῶν μαθητῶν καὶ νὰ προκαλεῖ συζητήσεις, στὶς ὁποῖες ἔπαιρναν μέρος πολλοὶ ἀπ᾿ αὐτούς.
- Ἡ ἐνθάρρυνση τῆς ἐλευθερίας καὶ τῆς πρωτοβουλίας τῶν μαθητῶν.
- Ἡ ἐκκλησιαστικὴ ἀκολουθία μπορεῖ καὶ πρέπει νὰ εἶναι τὸ καλύτερο μέσον ἀγωγῆς γιὰ τὴν μόρφωση τῆς χριστιανικῆς ψυχῆς.