Ὁ Ἅγιος Νικόλαος γεννήθηκε στὴ νῆσο Νάξο τῶν Κυκλάδων τὸ ἔτος 1851 μ.Χ., ἀπὸ τὸν Ἰωάννη καὶ τὴν Αὐγουστίνα, τὸ γένος Μελισσουργοῦ. Οἱ εὐσεβεῖς γονεῖς του τὸν ἀνέθρεψαν μὲ παιδεία καὶ νουθεσία Κυρίου.
Ἀπὸ τὴν παιδική του ἡλικία ἐξέφρασε τὴν ἔφεση καὶ τὴν ἀγάπη του πρὸς τὰ ὅσια καὶ τὰ ἱερά. Ἦταν φιλακόλουθος καὶ διακονοῦσε πάντοτε στὸ ἱερὸ τὸν παππού του ἱερέα Γεώργιο Μελισσουργό. Προορισμένος ἀπὸ τὸν Θεὸ νὰ γίνει λειτουργὸς τῶν ἁγίων μυστηρίων Αὐτοῦ μετεῖχε ἀδιάλειπτα στὴ λειτουργικὴ ζωὴ τῆς Ἐκκλησίας μὲ νηστεία, προσευχὴ καὶ ἀγρυπνία.
Μετὰ τὸν θάνατο τοῦ πατέρα του ἦλθε μὲ τὴν μητέρα του καὶ τὴν ἀδελφή του στὴν Ἀθήνα, ὅπου ἔγινε προστάτης αὐτῶν. Νυμφεύθηκε, χήρευσε ὅμως νωρίς. Ἡ πρεσβυτέρα του ἀπεβίωσε μόλις γεννήθηκε τὸ παιδί τους, ὁ Γιαννάκης, ποὺ τὸ μεγάλωσε μόνος.
Ὁ Κύριος δὲν βράδυνε νὰ τὸν ἀναδείξει λειτουργὸ τῆς Ἐκκλησίας του καὶ τὸν κατέστησε εὔθετο καὶ εὔχρηστο στὸ Εὐαγγέλιο τοῦ Χριστοῦ. Χειροτονεῖται διάκονος στὶς 28 Ἰουλίου 1879, στὸ ναὸ Μεταμορφώσεως τῆς Πλάκας καὶ μετὰ ἀπὸ πέντε χρόνια, στὶς 2 Μαρτίου 1884, χειροτονεῖται Πρεσβύτερος στὸ ταπεινὸ ἐκκλησάκι τοῦ Ἁγίου Ἐλισσαίου, στὸ Μοναστηράκι.


